BioMCP：一套命令查遍 70 个生物医学数据源

查一个基因变异，常常要在 ClinVar、gnomAD、OncoKB、PubMed 和 ClinicalTrials.gov 之间来回切，每个站的标识符和检索习惯都不一样。BioMCP 用一套命令语法把这些来源接到一起，同一个二进制既能在终端里用，也能作为 MCP 服务器交给 Claude Code、Codex 或 Claude Desktop。它由 GenomOncology 维护，截至 2026-10-06 约 650 star。

能做什么

• 统一语法：search、get、batch、enrich 几个动词覆盖基因、变异、文献、试验、药物、疾病、通路、蛋白、不良事件、药物基因组学等实体，例如 biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar。
• 跨实体跳转：从基因直接转到相关变异、药物或疾病视图，不用重新组织检索条件；search all 先给各类结果的数量做全局定位。
• 文献追踪：search article 同时查 PubTator3 和 Europe PMC 并去重，article citations、article references 顺着一篇论文展开引用网络。
• 本地研究分析：study 命令对下载的 cBioPortal 格式数据做队列、生存分析和共现分析，直接出终端图或 SVG、PNG。
• 现成工作流：biomcp skill list 列出内置的调查剧本，可以装进智能体目录。

适合谁

• 做肿瘤基因组或精准医学研究、需要快速汇总某个变异证据的科研人员。
• 生物信息工程师，想让智能体代替手写一堆 API 调用脚本。
• 临床试验协调员，要按疾病和招募状态筛试验。

接入方式

装好 biomcp 二进制后注册到客户端。PyPI 包名是 biomcp-cli，同名的 biomcp 包与本项目无关：

uv tool install biomcp-cli

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

也提供 Homebrew、Docker 镜像和 biomcp serve-http 远程模式。

编辑点评

生物医学类 MCP 不少是包一两个 API，BioMCP 的覆盖面和工程质量明显高一截：Rust 写的单一二进制，数据源表格写清每个实体背后用了谁，还提醒智能体不要编造不存在的 get 命令。要注意两点：数据来自上游各家，部分来源限制商业或临床用途，用之前要自己核对条款；它是检索工具，结果不能代替医生的诊断或治疗建议。Semantic Scholar 等来源配 API key 效果更好。许可证为 MIT。